税務調査の際に、契約書の提示を求められることがあるが、その際に、収入印紙の貼り忘れがないかどうかも併せて確認される。法律上、収入印紙を貼らなければならないとされている文書に収入印紙が貼っていなければ、法律上、納付しなければならない印紙税の3倍の金額が過怠税として徴収される。この過怠税は、損金算入されない租税公課となっている。同様に、法律上貼らなければならない収入印紙の額に不足があった場合にも、過怠税が課されるとされているが、実際の執行は、印紙税の納付不足の文書が大量に存在していれば話は別であるが、不足額を貼っておくように指導されて終わりである。また、印紙が貼ってあっても消印がなければ、後にその印紙を剥がして他の文書に転用することを防止する必要から、納付することとされている金額と同額の印紙税が課される。
