修正申告書を提出した場合、更正処分を行った場合で、当初申告に還付金額がある場合、所得の加算と減算の双方が存在する場合、源泉所得税の過払いがあった場合には、消費税の還付金額又は源泉所得税の還付金額と未納税額が納税者の自由意思にかかわりなく国税通則法57条に基づいて国税に充当されて還付されることがある。国税通則法122条は、別段の定めがない限り、国税と国税の還付金を相殺することを禁じているが、国税と還付金が相互に請求し、履行し合うことによる不便から、充当を制限する理由がないとして、57条において充当しなければならないとしている。申告書記載の金額と異なる還付金の振込みがあった場合には、国税庁からの還付通知書を下に根拠を確認する必要がある。
