平成23年税制改正により、課税売上高が5億円を超える事業者については、課税売上割合が95％以上であれば、課税仕入等に係る税額を全額控除するという規定が適用されないこととなった。この取扱いは、平成24年4月1日以後に開始する課税期間から、適用がある、つまりは25年3月決算法人から適用があるのである。課税売上割合の算式は、課税期間における課税売上高/課税期間における総売上高である。輸出売上は、分子の課税売上高と分母の総売上の双方に含まれる。課税売上5億円超の法人の改正後はの仕入税額控除の金額は、課税売上にのみ要する課税仕入等+課税売上と非課税売上に共通して要する課税仕入×課税売上割合又は課税仕入等に係る消費税×課税売上割合で計算する。輸出売上に対応する仕入税額控除は、特別扱いされたままなのである。つまり、非課税売上がほとんどなく、輸出売上が総売上の相当な部分を占める大企業、例えば課税売上割合が99.9％の大企業は、一括比例配分方式で行ったとしても、課税仕入に係るものは、99.9％仕入税額控除が受けられ、巨額の還付金が受けられうるのである。大企業優遇税制は温存されたままなのである。
