通勤手当の内、通勤に通常必要であると認められる部分の金額は仕入税額控除の対象となる（基通11-2-2）。
通勤手当のうち、通勤に「通常必要であると認められる部分の金額は、所得税法上の非課税限度額を超える部分（所得税の課税対象）であっても、課税仕入れに該当する。
新幹線による通勤も、経済的かつ合理的な通常の通勤方法として認められているので、新幹線通勤者の通勤手当も、所得税法上の課税の有無に関わらず、課税仕入れになる。
グリーン料金（特別車両料金等）の額は、所得税では、経済的かつ合理的な運賃とは認められず給与課税がされるが、消費税においては、現に通勤の費用に充てられている部分の金額については、課税仕入れになる。
自動車通勤者に支給するガソリン代についても、「通常必要であると認められる部分の金額であると認められる部分」の金額である限り、課税仕入れになる。
事業者が、自転車通勤者に対して、所得税法施行令第20条の2第2号（非課税とされる通勤手当）に規定する非課税限度額の範囲内で通勤手当を支給する場合には、課税仕入れに該当する。
（消費税基本通達11-2-2）
事業者が使用人等で通勤者である者に支給する通勤手当（定期券等の支給など現物による支給を含む。）のうち、当該通勤者がその通勤に必要な交通機関の利用又は交通用具の使用のために支出する費用に充てるものとした場合に、その通勤に通常必要であると認められる部分の金額は、課税仕入れに係る支払対価に該当するものとして取り扱う。
