有価証券売却損は、仕入税額控除の対象額の対象外である。尚、有価証券売却益の記事も併せてお読みいただければと思います。
株式、公社債、出資金等の譲渡価額そのものが非課税となる（法6、別表第一2）。
有価証券の譲渡があった場合の課税売上割合の計算は、譲渡価額の5％を分母に算入する（令48⑤）。
（消費税施行令48条）
5 事業者が法別表第一第二号に規定する有価証券（第九条第二項に規定するゴルフ場利用株式等を除く。）並びに同条第一項第一号及び第三号に掲げる権利（以下この項において「有価証券等」という。）の譲渡をした場合（当該譲渡が第二項第三号に掲げる現先取引債券等の譲渡又は第三項に規定する現先取引債券等の売戻しに該当する場合を除く。）又は同条第一項第四号に掲げる金銭債権（資産の譲渡等を行った者が当該資産の譲渡等の対価として取得したものを除く。以下この項において同じ。）の譲渡をした場合には、当該譲渡に係る第一項第一号に規定する資産の譲渡等の対価の額は、当該有価証券等又は金銭債権の譲渡の対価の額の百分の五に相当する金額とする。
